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<title>fr:manuals:freediams:drugsdatabaseschema</title>
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<!-- TOC START -->
<div class="toc">
<div class="tocheader toctoggle" id="toc__header">Table des matières</div>
<div id="toc__inside">
<ul class="toc">
<li class="level1"><div class="li"><span class="li"><a href="#schema_de_la_base_de_donnees_therapeutique_de_freediams" class="toc">Schéma de la base de données thérapeutique de FreeDiams</a></span></div>
<ul class="toc">
<li class="level2"><div class="li"><span class="li"><a href="#la_base_de_donnees_therapeutiques" class="toc">La base de données thérapeutiques</a></span></div>
<ul class="toc">
<li class="level3"><div class="li"><span class="li"><a href="#nom_de_fichier_pour_la_base_de_donnees_therapeutiques" class="toc">Nom de fichier pour la base de données thérapeutiques</a></span></div></li>
<li class="level3"><div class="li"><span class="li"><a href="#les_tables_de_la_base_de_donnees" class="toc">Les tables de la base de données</a></span></div></li>
</ul>
</li>
<li class="level2"><div class="li"><span class="li"><a href="#base_de_donnees_des_interactions" class="toc">Base de données des interactions</a></span></div>
<ul class="toc">
<li class="level3"><div class="li"><span class="li"><a href="#table_interactions" class="toc">Table INTERACTIONS</a></span></div></li>
<li class="level3"><div class="li"><span class="li"><a href="#table_interaction_knowledge" class="toc">Table INTERACTION_KNOWLEDGE</a></span></div></li>
</ul>
</li>
<li class="level2"><div class="li"><span class="li"><a href="#informations_concernant_la_base_de_donnees" class="toc">Informations concernant la base de données</a></span></div></li>
<li class="level2"><div class="li"><span class="li"><a href="#schema_sql_base_de_donnees_therapeutique" class="toc">Schéma SQL : Base de données thérapeutique</a></span></div></li>
<li class="level2"><div class="li"><span class="li"><a href="#schema_sql_base_de_donnees_interactions" class="toc">Schéma SQL : Base de données interactions</a></span></div></li></ul>
</li></ul>
</div>
</div>
<!-- TOC END -->
<div class="plugin_include_content" id="plugin_include__fr:manuals:drugswidget:drugsdatabaseschema">
<h1 class="sectionedit1"><a name="schema_de_la_base_de_donnees_therapeutique_de_freediams" id="schema_de_la_base_de_donnees_therapeutique_de_freediams">Schéma de la base de données thérapeutique de FreeDiams</a></h1>
<div class="level1">
<p>
<p><div class="notedoc">This page is up-to-date.
</div></p>
</p>
<p>
Cette section est essentiellement rédigée pour les développeurs. FreeDiams est programmé pour gérer plusieurs bases de données thérapeutiques. Pour ajouter une source de données, il vous suffit de créer une base de données répondant aux critères ci-dessous décrits sous SQLite.
</p>
</div>
<!-- EDIT1 SECTION "Schéma de la base de données thérapeutique de FreeDiams" [44-453] -->
<h2 class="sectionedit2"><a name="la_base_de_donnees_therapeutiques" id="la_base_de_donnees_therapeutiques">La base de données thérapeutiques</a></h2>
<div class="level2">
</div>
<!-- EDIT2 SECTION "La base de données thérapeutiques" [454-502] -->
<h3 class="sectionedit3"><a name="nom_de_fichier_pour_la_base_de_donnees_therapeutiques" id="nom_de_fichier_pour_la_base_de_donnees_therapeutiques">Nom de fichier pour la base de données thérapeutiques</a></h3>
<div class="level3">
<p>
Toutes les bases de données thérapeutiques doivent utiliser le schéma suivant pour leur nom de fichier :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> Pas de suffixe préfixé</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> Nom de fichier 'drugs' interdit</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> Extension obligatoire : db</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> Exemple : <em>drugs-france.db</em></div>
</li>
</ul>
</div>
<!-- EDIT3 SECTION "Nom de fichier pour la base de données thérapeutiques" [503-809] -->
<h3 class="sectionedit4"><a name="les_tables_de_la_base_de_donnees" id="les_tables_de_la_base_de_donnees">Les tables de la base de données</a></h3>
<div class="level3">
<p>
Les base de données doivent comporter plusieurs tables liées entre elles par le biais de clés primaires. <br/>
Il existe pour chaque médicament un <strong>numéro d'identifiant unique (UID)</strong>. Ce numéro d'identifiant unique peut posséder une dénomination particulière (CIS pour la France, PZN en Allemagne…). Cette dénomination peut être renseignée dans le table INFORMATIONS (cf infra).
</p>
<p>
Les différentes tables sont :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> DRUGS : contient l'UID, le nom commercial du médicament et des informations concernant sa commercialisation ;</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> COMPOSITION : contient le descriptif des différentes molécules composant le médicament</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> PACKAGING : contient le mode de présentation du traitement (la boîte)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LK_MOL_ATC : contient les liens entre les codes des molécules et les codes ATC (ids)</div>
</li>
</ul>
<p>
Jusqu'à présent, FreeDiams ne prend pas en compte la table PACKAGING.
</p>
</div>
<h4><a name="la_table_drugs" id="la_table_drugs">La table DRUGS</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Schéma :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> UID : Identifiant unique des médicaments : le CIS en France (AFSSAPS)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> NAME : nom commercial du médicament</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> FORM : forme du médicament (gélule, comprimé, gél…)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ROUTE : voie d'administration</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ATC : code ATC du médicament</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> GLOBAL_STRENGTH : contient le dosage global du médicament. N'est utilisé que pour construire le nom du médicament pour certaines bases de données. Voir aussi INFORMATIONS.DRUGS_NAME_CONSTRUCTOR.</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> Ex : 2.5mg;6.5mg</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> TYPE_MP (optionnel) : type d'AMM , schedule in CA</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> AUTHORIZATION (optionnal) : type d'autorisation d'AMM</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MARKETED : commercialisé : Booléen :: Oui = 1 ; Non = 0</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LINK_SPC (optionnel) : lien internet vers le <acronym title="Remote Procedure Call">RPC</acronym></div>
</li>
</ul>
<p>
L'UID doit être unique et persistant dans le temps. Pour s'assurer de son unicité, utilisez la commande :
</p>
<pre class="code sql"><span class="kw1">SELECT</span> count<span class="br0">(</span><span class="sy0">*</span><span class="br0">)</span><span class="sy0">,</span> uid<span class="sy0">,</span> name <span class="kw1">FROM</span> drugs <span class="kw1">GROUP</span> <span class="kw1">BY</span> uid <span class="kw1">HAVING</span> count<span class="br0">(</span><span class="sy0">*</span><span class="br0">)</span> <span class="sy0">></span> <span class="nu0">1</span> <span class="kw1">ORDER</span> <span class="kw1">BY</span> name <span class="kw1">ASC</span></pre>
</div>
<h4><a name="la_table_composition" id="la_table_composition">La table COMPOSITION</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Un médicament peut contenir plusieurs molécules. Certaines molécules sont présentes sous une forme et métabolisées
en une autre (voir NATURE, LK_NATURE).
</p>
<p>
Schéma:
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> UID : Identifiant unique des médicaments : CIS en France</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MOLECULE_FORM : forme de la molécule (comprimé, gél…)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MOLECULE_CODE : unique identifiant de la molécule</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MOLECULE_NAME : nom de la molécule</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DOSAGE : dosage de la molécule (ex : 10 mg)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DOSAGE_REF : référence pour le dosage (ex : 1 cp == 10 mg par cp)</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> SA (can be used as default value) : Active substance</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> FT : Tranformed substance</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LK_NATURE :</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> Link from SA to FT</div>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
</div>
<h4><a name="la_table_lk_mol_atc" id="la_table_lk_mol_atc">La table LK_MOL_ATC</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Cette table est indispensable pour le calcul des interactions médicamenteuses.<br/>
Le moteur de recherche d'interaction utilise la composition moléculaire des médicaments. Chaque molécule doit être liée à un code ATC (par le biais de son identifiant dans la base <em>iam</em>). Les interactions sont calculés sur la base des codes ATC.
</p>
<p>
Schéma :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> MOLECULE_CODE = lien vers COMPOSITION.MOLECULE_CODE</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ATC_ID = lien vers INTERACTION_DATABASE.ATC.ID (pas CODE)</div>
</li>
</ul>
</div>
<h4><a name="la_table_packaging" id="la_table_packaging">La table PACKAGING</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Cette table est actuellement <em>optionnelle</em>.
</p>
<p>
Schéma :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> UID : UID du médicament (le CIS en France)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> PACKAGE_UID : Code principal (en France correspond au CIP court)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LABEL : intitulé de la présentation</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> STATUS</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> Présentation active → A</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Présentation abrogée → B</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MARKETING</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> Déclaration d'arrêt de commercialisation → A</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Déclaration de commercialisation non communiquée → N</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Déclaration de commercialisation → C</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Déclaration de suspension de commercialisation → S</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DATE : most recent commercial update</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> OPTIONAL_CODE: Code optionnel (en France correspond au CIP long)</div>
</li>
</ul>
</div>
<h4><a name="la_table_informations" id="la_table_informations">La table INFORMATIONS</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Schema :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> VERSION : Version of the db (<a href="fr/manuals/versionning.html" class="wikilink1" title="fr:manuals:versionning">please be read the page</a>). See this as a primary key. FreeDiams will read the first selected row of the database as database informations.</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> NAME : Name of the database to display to the user. Translations are supported using syntax 'two-character <acronym title="International Organization for Standardization">ISO</acronym> language code=name', unquoted, without any egal sign in the name and with line breaks delimiting multiple languages (see below).</div>
</li>
</ul>
<pre class="code">fr=French name
en=English name
sp=Spanish
de=Deutsch
xx=All other languages</pre>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> IDENTIFIANT : unique identifiant for FreeDiams.</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> This identifiant must be unique for all drugs databases provided for FreeDiams</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> French AFFSSAPS database = “FR_AFSSAPS”</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> FDA database = “USA_FDA”;</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Canadian database = “CANADIAN”;</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> COMPAT_VERSION : FreeDiams application version dependency</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> PROVIDER : Provider of the datas (eg FDA)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> WEBLINK : Web site of the provider</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> COMPLEMENTARY_WEBSITE : Web site of additionnal informations on the database</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> AUTHOR : Author of the database (eg Me)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LICENSE :</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DATE : Date of release; format MUST BE formatted : yyyy-MM-dd</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DRUG_UID_NAME : Name to use for the drug UID</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> PACK_MAIN_CODE_NAME : Name to for the packaging main code</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ATC : boolean ; ATC is available for each drugs in the database</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> INTERACTIONS : boolean : manages interactions</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> AUTHOR_COMMENTS : place to hold your comment</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> LANGUAGE_COUNTRY : language and country specificity. Format = language_country where :</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> language is a lowercase, two-letter, <acronym title="International Organization for Standardization">ISO</acronym> 639 language code,</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> territory is an uppercase, two-letter, <acronym title="International Organization for Standardization">ISO</acronym> 3166 country code,</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> and codeset and modifier are ignored.</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> DRUGS_NAME_CONSTRUCTOR : string to use for the drug name construction. Some tokens will be replaced by their values. You can use these tokens :</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> NULL value is replaced by “NAME” only</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> “NAME” : for the name of the drug ( == DRUGS.NAME)</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> “FORM” : for the name of the drug ( == DRUGS.FORM)</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> “ROUTE” : for the name of the drug ( == DRUGS.ROUTE)</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> “GLOBAL_STRENGTH” : for the name of the drug ( == DRUGS.GLOBAL_STRENGTH)</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Eg : NAME, FORM (GLOBAL_STRENGTH) == AMOXICILLINE, TABLETS (1g)</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> Eg : NAME, FORM, ROUTE - * GLOBAL_STRENGTH == AMOXICILLINE, TABLETS, ORAL - * 1g</div>
</li>
</ul>
</li>
</ul>
</div>
<h4><a name="la_table_search_engines" id="la_table_search_engines">La table SEARCH_ENGINES</a></h4>
<div class="level4">
<p>
Cette table permet d'ajouter des moteurs de recherche pour l'utilisateur. Ces moteurs de recherche seront présentés dans la fenêtre des protocoles sous le bouton <em>Information et aide</em>.
</p>
<p>
Etiquettes disponibles :
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> [[ONE_ATC_CODE]] –> un lien par ATC connu</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[DRUG_ATC]] –> Libellé de l'ATC du médicament s'il est connu (DRUGS.ATC)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[ATC_CODES]] –> Tous les codes ATC connus (médicament et molécules)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[ATC_LABELS]] –> Tous les libellés ATC connus (médicaments et molécules)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[DRUG_NAME]] –> Valeur exacte de DRUGS.NAME</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[CONSTRUCTED_DRUG_NAME]] –> Le nom de médicament construit selon les règles de la base de données (INFORMATIONS.DRUGS_NAME_CONSTRUCTOR)</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> [[DRUG_UID]] –> L'UID du médicament</div>
</li>
</ul>
</div>
<!-- EDIT4 SECTION "Les tables de la base de données" [810-7786] -->
<h2 class="sectionedit5"><a name="base_de_donnees_des_interactions" id="base_de_donnees_des_interactions">Base de données des interactions</a></h2>
<div class="level2">
<p>
Les interactions sont calculées depuis les codes ATC des composants de chaque médicaments.<br/>
Certaines molécules sont regroupées au sein de “classes d'interactions” qui figurent dans la classification ATC aux codes \e ZXX.<br/>
Toute base de données thérapeutiques qui peut lier les composants de médicaments aux codes ATC connues donne accès au calcul des interactions médicamenteuses.
</p>
</div>
<!-- EDIT5 SECTION "Base de données des interactions" [7787-8227] -->
<h3 class="sectionedit6"><a name="table_interactions" id="table_interactions">Table INTERACTIONS</a></h3>
<div class="level3">
<p>
Is mainly a link table.
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> ID : unique identifier of the interaction</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ATC_ID1 : link to ATC.ID of the first interacting molecule or class</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> ATC_ID2 : link to ATC.ID of the second interacting molecule or class</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> INTERACTION_KNOWLEDGE_ID : link to the INTERACTION_KNOWLEDGE</div>
</li>
</ul>
</div>
<!-- EDIT6 SECTION "Table INTERACTIONS" [8228-8539] -->
<h3 class="sectionedit7"><a name="table_interaction_knowledge" id="table_interaction_knowledge">Table INTERACTION_KNOWLEDGE</a></h3>
<div class="level3">
<p>
This table contains the content of the interaction.
</p>
<ul>
<li class="level1"><div class="li"> ID : unique identifier</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> TYPE : type of interaction (encoded string)</div>
<ul>
<li class="level3"><div class="li"> I : Information</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> P = Precaution</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> T = Take in account</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> D = Inadvisable</div>
</li>
<li class="level3"><div class="li"> C = Contraindication</div>
</li>
</ul>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> RISK_FR : risk content in french</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MANAGEMENT_FR : management of the interaction in french</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> RISK_EN : risk content in english</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> MANAGEMENT_EN : management of the interaction in english</div>
</li>
<li class="level1"><div class="li"> <acronym title="Extensible Markup Language">XML</acronym> : <acronym title="Extensible Markup Language">XML</acronym> encoded (future use)</div>
</li>
</ul>
</div>
<!-- EDIT7 SECTION "Table INTERACTION_KNOWLEDGE" [8540-9066] -->
<h2 class="sectionedit8"><a name="informations_concernant_la_base_de_donnees" id="informations_concernant_la_base_de_donnees">Informations concernant la base de données</a></h2>
<div class="level2">
<p>
Les base de données sont présentes dans le répertoire <em> /Resources/databases/drugs</em>.<br/>
N'importe quel nom de fichier peut êetre utilisé. Il faut toutefois qu'il se termine obligatoirement par <em>.db</em>. La table INFORMATIONS sera examinée systématiquement. Si elle ne contient pas d'erreur la base de données sera considérée comme utilisable par FreeDiams.
</p>
</div>
<!-- EDIT8 SECTION "Informations concernant la base de données" [9067-9492] -->
<h2 class="sectionedit9"><a name="schema_sql_base_de_donnees_therapeutique" id="schema_sql_base_de_donnees_therapeutique">Schéma SQL : Base de données thérapeutique</a></h2>
<div class="level2">
<p>
<a href="http://code.google.com/p/freemedforms/source/browse/trunk/global_resources/sql/drugs_schema.sql&DokuWiki=aae0592a160dd26e2157a2d8d5aae7ab" class="media mediafile mf_sql" title="http://code.google.com/p/freemedforms/source/browse/trunk/global_resources/sql/drugs_schema.sql">External link</a>
</p>
</div>
<!-- EDIT9 SECTION "Schéma SQL : Base de données thérapeutique" [9493-9666] -->
<h2 class="sectionedit10"><a name="schema_sql_base_de_donnees_interactions" id="schema_sql_base_de_donnees_interactions">Schéma SQL : Base de données interactions</a></h2>
<div class="level2">
<p>
<a href="http://code.google.com/p/freemedforms/source/browse/trunk/global_resources/sql/iam_schema.sql&DokuWiki=aae0592a160dd26e2157a2d8d5aae7ab" class="media mediafile mf_sql" title="http://code.google.com/p/freemedforms/source/browse/trunk/global_resources/sql/iam_schema.sql">External link</a>
</p>
</div>
<div class="inclmeta level1">
<abbr class="published" title="2010-09-27T13:56:54Z">2010/09/27 13:56</abbr><div class="tags"><span>
<a href="fr/freediams?tag=fr:freediams" class="wikilink1" title="fr:freediams" rel="tag">freediams</a>,
<a href="fr/usermanual?tag=fr:usermanual" class="wikilink1" title="fr:usermanual" rel="tag">usermanual</a>,
<a href="tag/updated?tag=updated" class="wikilink1" title="tag:updated" rel="tag">updated</a>
</span></div>
</div>
</div>
<!-- EDIT10 SECTION "Schéma SQL : Base de données interactions" [9667-] --></div>
</body>
</html>
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