<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en_US" lang="en_US">
<head>
<title> GmManualReportGeneratorRu < Gnumed < Foswiki</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" /> <meta name="robots" content="noindex" /> <link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS Feed" href="WebRss.html" />
<link rel="icon" href="../rsrc/System/ProjectLogos/favicon.ico" type="image/x-icon" /> <link rel="shortcut icon" href="../rsrc/System/ProjectLogos/favicon.ico" type="image/x-icon" />
<link rel="alternate" href="http://wiki.gnumed.de/bin/edit/Gnumed/GmManualReportGeneratorRu?t=1362919418" type="application/x-wiki" title="edit GmManualReportGeneratorRu" />
<meta name="description" content="GmManualReportGeneratorRu" />
<!--[if IE]></base><![endif]-->
<style type="text/css" media="all">
@import url('../rsrc/System/SkinTemplates/base.css');
</style>
<style type="text/css" media="all">
@import url('../rsrc/System/SkinTemplates/default.css');
</style>
<!--[if IE]><style type="text/css" media="screen">
pre {
overflow-x:auto;
padding-bottom:expression(this.scrollWidth > this.offsetWidth ? 16 : 0);
}
</style>
<![endif]-->
<meta name="foswiki.PUBURL" content="http://wiki.gnumed.de/pub" /> <!-- PUBURL -->
<meta name="foswiki.PUBURLPATH" content="/pub" /> <!-- PUBURLPATH -->
<meta name="foswiki.SCRIPTSUFFIX" content="" /> <!-- SCRIPTSUFFIX -->
<meta name="foswiki.SCRIPTURL" content="http://wiki.gnumed.de/bin" /> <!-- SCRIPTURL -->
<meta name="foswiki.SCRIPTURLPATH" content="/bin" /> <!-- SCRIPTURLPATH -->
<meta name="foswiki.SERVERTIME" content="10%20Mar%202013%20-%2013:43" /> <!-- SERVERTIME -->
<meta name="foswiki.SKIN" content="twikinet%2c%20pattern" /> <!-- SKIN -->
<meta name="foswiki.SYSTEMWEB" content="System" /> <!-- SYSTEMWEB -->
<meta name="foswiki.TOPIC" content="GmManualReportGeneratorRu" /> <!-- TOPIC -->
<meta name="foswiki.USERNAME" content="KarstenHilbert" /> <!-- USERNAME -->
<meta name="foswiki.USERSWEB" content="Main" /> <!-- USERSWEB -->
<meta name="foswiki.WEB" content="Gnumed" /> <!-- WEB -->
<meta name="foswiki.WIKINAME" content="KarstenHilbert" /> <!-- WIKINAME -->
<meta name="foswiki.WIKIUSERNAME" content="Main.KarstenHilbert" /> <!-- WIKIUSERNAME -->
<meta name="foswiki.NAMEFILTER" content="%5b%5cs%5c*%3f~%5e%5c%24%40%25%60%22'%26%3b%7c%3c%3e%5c%5b%5c%5d%23%5cx00-%5cx1f%5d" /> <!-- NAMEFILTER --><!--JQUERYPLUGIN::FOSWIKI::META-->
<script type='text/javascript' src='../rsrc/System/JQueryPlugin/jquery-1.4.3.js'></script><!--JQUERYPLUGIN-->
<script type='text/javascript' src='../rsrc/System/JQueryPlugin/plugins/livequery/jquery.livequery.js'></script><!--JQUERYPLUGIN::LIVEQUERY-->
<script type='text/javascript' src='../rsrc/System/JQueryPlugin/plugins/foswiki/jquery.foswiki.js'></script><!--JQUERYPLUGIN::FOSWIKI-->
<script type='text/javascript' src='../rsrc/System/JSTreeContrib/jquery.jstree.js'></script><!--JQUERYPLUGIN::JSTREE-->
</head>
<body class=""><div class="foswikiPage">
<a name="PageTop"></a>
<p></p>
<p></p>
<h1><a name="GNUmed"></a> Генератор отчётов GNUmed </h1>
<p></p>
GNUmed предлагает два принципиально разных способа для поиска в базе данных:
<p></p> <ol>
<li> по EMR текущего активного пациента
</li> <li> по всей медицинской базе данных, независимо от активного пациента
</li></ol>
<p></p>
Второй подход иногда называют <em>интеллектуальным анализом данных</em>. GNUmed имеет плагин, называемый <em>Отчеты</em>, для создания отчетов общесистемной базы данных.
<p></p>
<h2><a name="A_"></a> Область действия </h2>
<p></p>
Плагин предназначен для создания простых отчетов. Мощность этого средства не выходит за рамки того, что можно сделать в PostgreSQL. Однако, можно расширить <a href="PostgreSQLRu.html" target="_top">PostgreSQL</a> <a href="http://www.joeconway.com/plr/" target="_top">процедурным языком "R"</a> (на самом деле, <a href="http://www.postgresql.org/docs/8.2/static/external-pl.html" target="_top">любым другим</a>), чтобы значительно высвободить статистическую мощь напрямую из SQL-запроса.
<p></p>
Для чего-либо более сложного (например, последующей обработке результатов отчета), нужно обратиться к пользовательским сценариям, генераторам страндартных отчетов или средствам интеллектуального анализа данных, таким как NetEpi.
<p></p>
<h2><a name="A_AN1"></a> Использование </h2>
<p></p>
<h3><a name="A_AN2"></a> Создание отчетов </h3>
<p></p>
Для создания отчета из базы данных необходимо выполнить запрос SQL. Запрос должен вводиться в поле <em>Команда (SQL)</em> плагина <em>Отчеты</em>. Нажмите далее кнопку <em>[Пуск]</em>. Результаты будут показаны в списке внизу. Столбцы списка будут соответствовать столбцам таблиц(ы) базы данных, собирающих данные из запроса. Можно использовать SQL <a href="http://www.postgresql.org/docs/8.2/static/queries-select-lists.html#QUERIES-COLUMN-LABELS" target="_top">синтаксис псевдонимов столбца</a> <em>AS</em>, чтобы имена столбцов базы данных отражались ('преобразовывались'), КАК более понятные обозначения.
<p></p>
Вот некоторые подсказки:
<p></p> <ul>
<li> не нужно беспокоиться о начальных или конечных пробелах/символах переноса строк
</li> <li> запрос может занимать несколько строк
</li> <li> не нужно - но можно - заканчивать запрос точкой с запятой (";")
</li> <li> можно вставить текст запроса откуда-нибудь через буфер обмена
</li> <li> можно перетащить файл в плагин <em>Отчеты</em> и GNUmed интерпретирует его содержимое, как запрос для выполнения <ul>
<li> обратите внимание, что нужно перетащить файл в область плагина <strong>вне</strong> рабочего поля команды запроса (будет улучшено позднее).
</li></ul>
</li></ul>
<p></p> <ul>
<li> плагин искусственно <strong>ограничит список результатов до 1000 строк</strong> (одной тысячи) для некоторой защиты от запросов, исходящих от берсерка
</li></ul>
<p></p> <ul>
<li> запросы запускаются <strong>только на чтение</strong> с учетными данными пользователя, который вошел в этот клиент <ul>
<li> возможны без записи в базу данных, даже не как побочный эффект запроса <code>select my_writing_func()</code>
</li></ul>
</li></ul>
<p></p> <ul>
<li> можно сделать запрос, возвращающий столбец с именем <code>pk_patient</code> <ul>
<li> можно дважды кликнуть по любой строке в списке результатов, которая активирует пациента, определенного в базе данных по ID в <code>pk_patient</code>
</li> <li> если такого столбца нет, ничего не случится (кроме отображаемого сообщения об ошибке)
</li> <li> учтите, что можно, конечно, сделать запрос, возвращающий произвольное число в столбце с именем <code>pk_patient</code>, в этом случае соответствующий пациент, действительно, активируется двойным кликом строки, но может и нет, на самом деле, любая другая значимая корреляция пациента с этой строкой
</li></ul>
</li></ul>
<p></p> <ul>
<li> можно ограничить запрос для текущего активного пациента, включив в оператор WHERE поле подстановки $<ID_active_patient>$ с чем-то вроде: <code><table_or_view_relatable_to.pk_identity> = $<ID_active_patient>$</code> или подобным
</li></ul>
<p></p>
<pre>
EXISTS (
SELECT 1
FROM
table_or_view_containing_else_relatable_to_pk_patient
WHERE
column_containing_pk = $<ID_active_patient>$
)
;
</pre>
<p></p>
<h3><a name="A_AN3"></a> Визуализация отчетов </h3>
<p></p>
Нажатие кнопки <em>[Визуализировать]</em> позволит выбрать столбец из списка результатов отчета из каждой x- и y- оси. Данные в этих столбцах извлекаются из отчета и отправляются для отображения в <a href="http://www.gnuplot.info/" target="_top">gnuplot</a>.
<p></p>
<h3><a name="A_AN4"></a> Повторное использование определения отчета </h3>
<p></p>
Поле <em>Отчет</em> действует как phrasewheel, предлагая имена отчетов, которые были ранее сохранены в базе данных. Можно ввести либо часть названия вашей части запроса (например, имя таблицы) и выбрать в появившемся раскрывающемся списке совпадений. Соответствующий запрос загрузится из базы данных.
<p></p>
Если нажать <em>[Сохранить]</em>, определение отчета будет сохранено в базе данных. Если имя отчета уже известно в базе данных, имеющееся определение отчета будет перезаписано. Если не будет создано новое определение отчета.
<p></p>
Нажатие <em>[Поделиться]</em> вышлет определение отчета (<strong>имя и запрос - больше ничего</strong>) в список рассылки сообщества GNUmed для совместного использования. Оно будет анонимным. Если для него нужно получить авторство, то таковое необходимо активно приписать в списке рассылки.
<p></p>
Учтите, что <em>результаты</em> отчета сохраняются только до тех пор, пока экземпляр клиента, в котором они были произведены, остается открытым. Однако, они сохранятся при изменении активного пациента.
<p></p>
Для вашей ориентировки кнопка <em>[Схема]</em> приведет к <a href="DatabaseSchemaRu.html">документации схемы базы данных GNUmed в нашей вики</a>.
<p></p>
<h3><a name="A_AN5"></a> Запросы на выборку </h3>
<p></p>
Сколько неисключенных пациентов остается в базе данных практики?
<pre>
select count(*) from dem.identity
where deleted is FALSE / TRUE
where deceased is NULL / NOT NULL
</pre>
<p></p>
Перечислить моих пациентов в этой базе данных (надеюсь, меньше 1024):
<pre>
select lastnames, firstnames, title, pk_identity AS pk_patient
from dem.v_basic_person
where dem.v_basic_person.lastnames is NOT NULL
order by lastnames, firstnames
</pre>
<p></p>
Перечислить пациентов с отдельным почтовым кодом
<pre>
select number, street, dem.v_basic_person.lastnames, dem.v_basic_person.preferred, dem.v_basic_person.firstnames, suburb, urb, postcode, pk_identity as pk_patient
from
dem.v_basic_person
inner join
dem.v_pat_addresses
using (pk_identity)
where
LOWER(dem.v_pat_addresses.postcode) = 'inputDesiredPostalCodeHereInLowerCase'
order by
street, number
</pre>
<p></p>
Перечислить пациентов, ожидающих более 14 дней (без указания waiting_zone):
<pre>
select lastnames, firstnames, title, comment, waiting_time_formatted, pk_identity as pk_patient
from
clin.v_waiting_list
where
waiting_time < '14 days'
and waiting_zone is NULL
</pre>
<p></p>
A query that (new in gnumed_v9) can search for patients based on the diagnostic code
<pre>
select *
from
dem.v_basic_person
inner join
clin.v_coded_item_narrative
using (pk_identity)
where
code = ...
and coding_system = ...
and soap_cat = ...
;
</pre>
<p></p>
Запрос по условию других полей (и образцовых значений), которые можно изменять и использовать, помогающий в поиске пациента, когда стандартное поле поиска не позволяет найти пациента, включая, возможно, каналы связи (номера телефонов). Такой запрос может быть
<p></p>
<pre>
select *
from
dem.v_basic_person
inner join
dem.v_person_comms / dem.v_person_jobs / dem.v_external_ids4identity
using (pk_identity)
where
dem.v_person_comms.url = ... /
dem.v_person_jobs.l10n_occupation = ... /
dem.v_external_ids4identity.value = ...
;
</pre>
<p></p>
Запрос, выбирающий сообщения из таблицы аудита для входящих, удаленные в течение последних 7 дней, упорядоченные по последнему измененному
<p></p>
<pre>
SELECT *
FROM audit.log_message_inbox
WHERE
fk_staff = <staff ID of provider>
AND
audit_action = 'DELETE'
AND
audit_when > (now() - '7 days'::interval)
ORDER BY
<audit_when / orig_when / modified_when> DESC
;
</pre>
<p></p>
Запрос, определяющий авторегистрацию физических лиц, например в результате импорта данных
<p></p>
<pre>
SELECT * from dem.clin_ext_id_type, dem.identity where
dem.clin_ext_id_type.name = "lab autoimport fake person" WHERE
dem.clin_ext_id_type.fk_person = dem.identity.pk
;
</pre>
<p></p>
Между Карстен и Джим была, конечно неофициальная, дискуссия "о теории первичной медпомощи" при моделировании уровней врачебной диагностики. Как только оно будет внесено в обращения, это создало бы интересные запросы по результату
<p></p>
<pre>
The patients I would most worry about would be those who
- remain our responsibility (they did not abandon us)
--> last seen in the most recent 6 (?) months
- and have an active issue or episode of certainty of A or B or C that is
--> persisting over multiple encounters
>= 2 encounters if symptom(s) are "alarming" or "worsening"
>= 3 encounters if B or C
Many patients have a chronic single symptoms at level A, and maybe a
chronic symptom complex at level B, but &#8211; as long as their episode is
not worsening (or provided the patient's episodes are not becoming more
frequent which would be a separate clinically informative query) &#8211; then
it may be tolerable to optionally and by default omit such patients with
chronicity of > 6 or 9 months from inclusion in the result of a query if
the purpose is "who must I make sure I do not overlook a condition that I
should perhaps be diagnosing?"
</pre>
<p></p>
<h3><a name="A_AN6"></a> Примечание по бэкэнду </h3>
<p></p>
Запросы отчета хранятся в cfg.report_query.
<p></p>
<a name="TopicEnd"></a>
<p></p>
<p></p>
<p></p>
<p></p>
</div>
</body></html>
